Las plantas de tratamiento de agua tienen 3 opciones principales al momento de escoger un método de cloración para la desinfección del agua:  cloro gaseoso, solución de hipoclorito comercial en alta concentración o solución de hipoclorito generado en sitio en baja concentración.  Cuando se seleccione una alternativa correcta, los operadores de planta deben tener en cuenta la seguridad, efectividad y los aspectos económicos asociados a cada una de las tres alternativas.

El cloro gaseoso ha sido usado por casi un siglo y ha probado ser económico y efectivo.  Su uso requiere que el cloro sea almacenado como gas licuado en contenedores presurizados junto con un sistema de medición y de inyección del gas hacia el agua a desinfectar.  En la última década, la preocupación creciente ante los potenciales problemas de seguridad asociados a derrames o fugas de esta sustancia química y la responsabilidad de cumplimiento de normas como el Programa de Manejo de Riesgos de la EPA, han conllevado a muchas organizaciones a evaluar e implementar nuevos métodos de cloración.

El hipoclorito comercial se encuentra disponible en concentraciones desde 12 al 15 %.  El uso de este químico sólo requiere tanques de almacenamiento y equipos de dosificación simplificando requisitos de instalación.  Sin embargo, las soluciones en alta concentración experimentan rápida degradación durante su almacenamiento resultando en pérdida de cloro disponible y generación de subproductos como cloratos.  La corrosión y seguridad del operador también son una preocupación al manipular esta solución altamente cáustica.  En adición, el químico puede resultar significativamente más costoso que el cloro gaseoso.